Η τομάτα αποδίδει καλύτερα σε μέσης σύστασης εδάφη, αμμοπηλώδη και πηλοαμμώδη, εφόσον είναι βαθιά, γόνιμα, στραγγίζουν καλά και υπάρχει διαθέσιμο νερό για άρδευση. Το άριστο pH για την καλλιέργεια της τομάτας κυμαίνεται από 5,8 έως 7. Τα ελαφρά εδάφη θεωρούνται ιδανικά για πρώιμες καλλιέργειες συνήθως όμως είναι φτωχά, με χαμηλή εναλλακτική ικανότητα και χαμηλό βαθμό υδατοϊκανότητας. Αναφορικά με τα άλατα του εδάφους και το νερό της άρδευσης, η τομάτα παρουσιάζει σχετική αντοχή. Ο σχεδιασμός της λιπαντικής διαχείρισης πρέπει να γίνεται λαμβάνοντας πάντα υπόψη την περιοχή, την ποικιλία, το έδαφος, τον τρόπο καλλιέργειας καθώς και την αναμενόμενη παραγωγή.

Το άζωτο έχει σημαντική επίδραση στην ισορροπημένη βλαστική ανάπτυξη και την απόδοση του φυτού. Υψηλές ποσότητες αζώτου προκαλούν υπερευαισθησία του φυτού στα διάφορα παθογόνα, μείωση της παραγωγής λόγω παράτασης της άνθησης και μείωσης της καρπόδεσης, καθυστέρηση της ωρίμανσης και παραγωγή μεγαλύτερων καρπών με μαλακότερη υφή. Οι συνολικές απαιτήσεις αζώτου διαφέρουν ανάλογα με τον τύπο της καλλιέργειας (βιομηχανική, επιτραπέζιαμή τομάτα θερμοκηπίου) και κυμαίνονται στα επίπεδα του πίνακα που ακολουθεί. Από αυτή την ποσότητα, το 30-40% παρέχεται στη βασική λίπανση με ενσωμάτωση κατά την προετοιμασία του εδάφους για την εγκατάσταση της καλλιέργειας και το υπόλοιπο παρέχεται σε πολλές επιμέρους δόσεις ανάλογα με τον τρόπο της καλλιέργειας.

Ο φώσφορος επηρεάζει τη βλάστηση και την παραγωγή του φυτού, ανάλογα με τη διαθεσιμότητα του στο έδαφος, την περιεκτικότητα του εδάφους σε οργανική ουσία και το pH. Βοηθάει στην καλύτερη ανάπτυξη του ριζικού συστήματος και την ομοιόμορφη ανάπτυξη του χρώματος του καρπού κατά την ωρίμανση. Παρόλα αυτά, η υψηλή περιεκτικότητα σε φώσφορο προκαλεί ανομοιόμορφο χρωματισμό των καρπών και ποιοτική υποβάθμιση τους (αύξηση των κενών χώρων στο εσωτερικό του καρπού). Ισορροπημένες δόσεις φωσφόρου μετριάζουν τις αρνητικές επιπτώσεις της υπερλίπανσης με άζωτο.

Η υπερβολική λίπανση με φώσφορο συχνά καταλήγει σε τροφοπενία μαγνησίου λόγω ανταγωνιστικότητας των δύο στοιχείων. Όλη η ποσότητα του φωσφόρου χορηγείται κατά τη βασική λίπανση σε δοσολογία 15-22 kg ανά στρέμμα ανάλογα με τον τύπο της καλλιέργειας. 

Το κάλιο παίζει σημαντικό ρόλο σε πολλές λειτουργίες του φυτού. Μεσαίες δόσεις καλίου προκαλούν αυξημένη παραγωγή φυτών με μέτριους ποιοτικά καρπούς σε γεύση και χρώμα. Η προσθήκη μεγαλύτερων ποσοτήτων καλίου βελτιώνει κατά πολύ την ποιότητα, το σχήμα, τη συνεκτικότητα και την ομοιομορφία στο χρώμα του καρπού. Η έλλειψη καλίου εμφανίζεται με περιφερειακή χλώρωση και νέκρωση των φύλλων, ξεκινώντας από τα φύλλα της βάσης, ενώ προκαλεί ανομοιόμορφη εμφάνιση χρώματος των καρπών. Σχεδόν το 50% του καλίου παρέχεται κατά τη βασική λίπανση και το υπόλοιπο κατά την επιφανειακή λίπανση, σε συνολικές ποσότητες 25-65 kg ανά στρέμμα. 

Το μαγνήσιο συμμετέχει στη λειτουργία της φωτοσύνθεσης των φύλλων, καθώς και στη σύνθεση των σακχάρων και των υδατανθράκων. Η έλλειψη μαγνησίου προκαλεί περιορισμό της βλαστικής ανάπτυξης του φυτού και της παραγωγής καθώς και περιφερειακή χλώρωση των φύλλων, από τη βάση έως την κορυφή. Προστίθεται στη βασική λίπανση σε ποσότητες 5-12 kg ανά στρέμμα.